O Centro de Ecologia Funcional (CFE ou CEF em português) é uma unidade I&D,  que se encontra alojada no Departamento de Ciências da Vida da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra (DCV-FCTUC). O CEF ambiciona aumentar os conhecimentos sobre o funcionamento de ecossistemas, desde a biodiversidade de micro-organismos, flora e fauna, à complexidade ecológica das suas interações ao nível da comunidade.